يمتاز سماحة الإمام الخوئي (قدس سره) بمنهج علمي متميز وأسلوب خاص به في البحث والتدريس، ذلك أنه كان يطرح في أبحاثه الفقهية والأصولية العليا موضوعًا، ويجمع كل ما قيل من الأدلة حوله، ثم يناقشها دليلًا دليلًا، وما إن يوشك الطالب على الوصول إلى قناعة خاصة، حتى يعود الإمام فيقيم الأدلة القطعية المتقنة على قوة بعض من تلك الأدلة وقدرتها على الاستنباط، فيخرج بالنتيجة التي يرتضيها، وقد سلك معه الطالب مسالك بعيدة الغور في الاستدلال والبحث، كما هو شأنه في تأليفاته القيمة، بما يجد المطالع فيها من تسلسل للأفكار وبيان جميل مع الدقة في التحقيق والبحث، ولذا فقد عُرف بعالم الأصول والمجدّد.
ولا تقتصر أبحاثه وتحقيقاته على هذين الحقلين في الأصول والفقه، فهو الفارس المجلّي في علم الرجال أو (الجرح والتعديل)، وقد شيّد صرحًا علميًا قويمًا لهذا العلم ومدخليته في استنباط المسائل الإسلامية، جمعها في كتابه الشهير «معجم رجال الحديث وتفصيل طبقات الرواة»، كما بذل جهدًا كبيرًا في التفسير وعلوم القرآن، وضعها في مقدمة تفسيره «البيان في تفسير القرآن»، وغيرها من الحقول العلمية.
لقد ألّف سماحته عشرات الكتب في شتى الحقول العلمية المختلفة، نذكر المطبوع منها:
١- أجود التقريرات، في أصول الفقه
٢- البيان، في علم التفسير
٣- نفحات الإعجاز، في علوم القرآن
٤- معجم رجال الحديث وتفصيل طبقات الرواة، في علم الرجال، في ٢٤ مجلدًا
٥- منهاج الصالحين، في بيان أحكام الفقه، في مجلدين، وقد طُبع ٢٨ مرة
٦- مناسك الحج، في الفقه
٧- رسالة في اللباس المشكوك، في الفقه
٨- توضيح المسائل، في بيان أحكام الفقه، الرسالة العملية لمقلديه، طُبع أكثر من ثلاثين مرة وبعدة لغات
٩- المسائل المنتخبة، في بيان أحكام الفقه، الرسالة العملية لمقلديه باللغة العربية، طُبع أكثر من عشرين مرة
١٠- تكملة منهاج الصالحين، في بيان أحكام الفقه، في القضاء والشهادات والحدود والديات والقصاص
١١- مباني تكملة المنهاج، في أسانيد الأحكام الفقهية، في القضاء والشهادات والحدود والديات والقصاص
١٢- تعليقة العروة الوثقى، لبيان آرائه الفقهية على كتاب «العروة الوثقى» لفقيه الطائفة المغفور له آية الله العظمى السيد محمد كاظم اليزدي (قدس سره)
كما لا يزال بعض مؤلفاته الأخرى مخطوطًا.
