جمع الإمام الخوئي (قدس سره) من حوله طيلة فترة تدريسه أعدادًا كبيرة من طلبة العلوم الدينية والأساتذة اللامعين، ينتمون إلى بلدان العالم المختلفة، فكان منهم طلاب من سوريا ولبنان والأحساء والقطيف والبحرين والكويت وإيران وباكستان والهند وأفغانستان ودول شرق آسيا وأفريقيا، مضافًا إلى الطلبة العراقيين. ولم يكتف بتغذيتهم علميًا وثقافيًا ورعايتهم روحيًا، بل امتد ذلك ليشمل تغطية نفقاتهم المعيشية من الحقوق الشرعية التي كانت تصل إليه. وهكذا أسس مدرسة فكرية خاصة به ذات معالم واضحة في علوم الفقه والتفسير والفلسفة الإسلامية والبلاغة وأصول الفقه والحديث.
لقد تتلمذ بين يدي سماحته عدد كبير من أفاضل العلماء المنتشرين في المراكز والحوزات العلمية الدينية الشيعية في أنحاء العالم، والذين يعدّون من أبرز المجتهدين من بعده، ومنهم:
٢- آية الله السيد علي السيستاني - العراق
٣- آية الله الشيخ محمد إسحاق الفياض - العراق
٤- آية الله الشيخ ميرزا علي الفلسفي - إيران
٥- آية الله الشيخ ميرزا جواد التبريزي - إيران
٦- آية الله السيد محمد رضا الخلخالي - العراق
٧- آية الله الشيخ محمد آصف المحسني - أفغانستان
٨- آية الله السيد علي السيد حسين مكي - سوريا
٩- آية الله السيد تقي السيد حسين القمي - إيران
١٠- آية الله الشيخ حسين وحيد الخراساني - إيران
١١- آية الله السيد علاء الدين بحر العلوم - العراق
١٢- آية الله المرحوم الشيخ ميرزا علي الغروي - العراق
١٣- آية الله المرحوم السيد محمد الروحاني - إيران
١٤- آية الله المرحوم الشيخ ميرزا يوسف الإيرواني - إيران
١٥- آية الله المرحوم السيد محيي الدين الغريفي - البحرين
١٦- آية الله الشهيد السيد عبد الصاحب الحكيم - العراق
١٧- آية الله الشهيد السيد محمد باقر الصدر - العراق
وغيرهم كثير من السادة العلماء والمشايخ الكبار وأفاضل الأساتذة، ممن تتلمذ على الإمام مباشرة أو على تلامذته في جميع الحوزات العلمية الدينية المعروفة.
ترك آية الله العظمى الإمام الخوئي (قدس سره) أبحاثًا قيمة كثيرة في حقلي الفقه والأصول، وهي الدروس التي كان يلقيها سماحته خلال مدة تزيد على نصف قرن على عدد كبير من أفاضل العلماء وأساتذة الحوزة العلمية الدينية في النجف الأشرف، من المجتهدين ذوي الاختصاص في الدراسات الدينية العليا، المعروفة بـ«بحث الخارج» (فقد ابتدأ رضوان الله تعالى عليه بتدريس بحث الخارج من سنة ١٣٥٢ إلى ١٤١٠هـ من دون انقطاع). وقد قُرّرت ودُوّنت نظرياته الجديدة وآراؤه العلمية القيمة تلك في تقريرات كثير من السادة والمشايخ العلماء من تلامذته الأفاضل، التي تُعتبر اليوم من أمهات المصادر الفقهية والأصولية الحديثة للباحثين والعلماء، لا يستغني عنها الأساتذة والطلاب معًا، وعليها تدور رحى البحوث والدروس في هذين الحقلين في جميع الحوزات الدينية المعروفة.
ومن تلك البحوث التي عُرضت على سماحته وأجاز طبعها:
١- «التنقيح في شرح العروة الوثقى»: تقرير آية الله الشهيد الشيخ ميرزا علي الغروي (رحمه الله)، في مجلد واحد يبحث عن الاجتهاد والتقليد وتسع مجلدات في الطهارة
٢- «تحرير العروة الوثقى»، تقرير الشيخ قربان علي الكابلي، جزء واحد (فقه)
٣- «دروس في فقه الشيعة»، تقرير السيد محمد مهدي الخلخالي، أربعة أجزاء (فقه)
٤- «محاضرات في أصول الفقه»: تقرير آية الله الشيخ محمد إسحاق الفياض، يبحث في أربع مجلدات مباحث أصول الفقه قسم الألفاظ
٥- «المستند في شرح العروة الوثقى»: تقرير آية الله الشهيد الشيخ مرتضى البروجردي، في عشر مجلدات تبحث عن الصلاة، ومجلدين في الصوم، ومجلدين في الزكاة، ومجلد واحد في الخمس، ومجلد واحد في الإجارة
٦- «الدرر الغوالي في فروع العلم الإجمالي»، تقرير الشيخ رضا اللطفي، جزء واحد (أصول)
٧- «مباني الاستنباط»، تقرير السيد أبي القاسم الكوكبي، أربعة أجزاء (أصول)
٨- «مصباح الفقاهة»: تقرير آية الله الشيخ ميرزا محمد علي التوحيدي، في خمس مجلدات تبحث في المكاسب المحرمة والبيع والخيارات
٩- «مصابيح الأصول»: تقرير آية الله الشهيد السيد علاء الدين بحر العلوم، في مجلد واحد من مباحث الألفاظ لعلم الأصول
١٠- «المعتمد في شرح العروة الوثقى وفي شرح المناسك»: تقرير آية الله الشهيد السيد محمد رضا الموسوي الخلخالي، في أربع مجلدات تبحث في الحج
١١- «مصباح الأصول»: تقرير آية الله الشهيد السيد محمد سرور الواعظ البهسودي، يبحث في مجلدين مباحث أصول الفقه قسم الحجج والأصول العملية
١٢- «المباني في شرح العروة الوثقى»: تقرير العلامة الشهيد حجة الإسلام والمسلمين السيد محمد تقي الخوئي، في مجلدين تبحث في النكاح ومجلد واحد في المضاربة والمساقاة
١٣- «دراسات في الأصول العملية»، تقرير السيد علي الحسيني الشاهرودي، جزء واحد (أصول)
١٤- «فقه العترة في زكاة الفطرة»، تقرير الشهيد السيد محمد تقي الجلالي، جزء واحد (فقه)
١٥- «الرأي السديد في الاجتهاد والتقليد»، تقرير الشيخ غلام رضا عرفانيان، جزء واحد (فقه)
١٦- «محاضرات في الفقه الجعفري»، تقرير السيد علي الحسيني الشاهرودي، أربعة أجزاء (فقه)
١٧- «جواهر الأصول»: تقرير آية الله الشيخ فخر الدين الزنجاني
١٨- «رسالة في الأمر بين الأمرين»: تقرير آية الله الشيخ محمد تقي الجعفري، يبحث في موضوع كلامي
١٩- «رسالة في الرضاع»: تقرير آية الله الشيخ محمد تقي الإيرواني (رحمه الله) وآية الله السيد محمد مهدي الموسوي الخلخالي
