وبعد أن أكمل دراسة المقدمات واصل دراسته للسطوح العالية على يد أساتذة قديرين، منهم: السيد محمد رضا الخلخالي، والشيخ عبد الحسين آل صادق، وأخيه السيد محمد تقي الخوئي، والشيخ باقر الايرواني، وبعد أن أكمل دراسة السطوح العالية حضر بحث خارج والده الإمام الخوئي(ره)  سنة 1404هـ حتى زمان هجرته من النجف الأشرف.