وفي احدي سفراته الى بريطانيا نضجت لدين فكرة تأسيس مؤسسة اسلامية على مستوى عالمي، لتقديم الخدمات للمسلمين عامة و لابناء الطائفة الشيعية خاصة، و بعد جولات مفصلة من المشاورات مع جمع من العلماء، و الشخصيات، ممن يتميزون بالنزاهة و التقوى و الخبرة و الاطلاع في مثل هذه الاعمال ، تم التخطيط لانشاء ‘‘مؤسسة الامام الخوئي الخيرية ‘‘ و بعد عرض المشروع بتفاصيله على سماحة الامام الخوئي رضوان الله تعالى عليه، و بعد موافقة سماحته و مباركته و توجيهاته القيمة، و وضعه الخطوط العريضة لقانونها الاساس و نظامها الداخلي، بعد التشاور مع عدد من أهل الخبرة و الاطلاع في هذا المجال، و البحث في العقبات المنظورة و المستقبلية المحتملة ، خصوصا و أن الفكرة لم يسبق لها نظير في المرجعايت السابقة ، تم الاعلان عن إنشاء المؤسسة تحت إشراف المرجع الاعلى و عيّن العلامة السيد محمد تقي الخوئي أمينا عاما لها و بقي في هذا المنصب حتى استشهاده رضوان الله تعالى عليه.
و كانت مساهماته في مراحل التأسيس و التنفيذ و دوره الريادي في تفقد كل صغيرة و كبيرة من شؤونها، هو العامل الاهم و الفعال الذي أوصل المؤسسة لما هي عليه الآن من نجاح و مكانة يشهد لها الجميع.
و رغم المنعطفات الخطيرة التي مرت بها المؤسسة و مشاريعها، و رغم الظروف الصعبة التي أحاطت بها، لاسميا بعد رحيل والده، فان الجهود العظيمة للفقيد الغالي أثمرت في الحفاظ على استمرار المؤسسة و تطورها في تقديم الخدمات التعليمية و الثقافية و الدينية و الاجتماعية، حيث احتلت موقعها الطبيعي بين المؤسسات الخيرية العالمية، و انتشرت أجهزتها التعليمية و الدينية و الثقافية، لتعم الكثير من بقاع الارض و أصبحت على المستوى الاعلامي ذات كلمة مسموعة في الاندية والمحافل الدولية دفاعا عن حقوق الانسان المسلم الشيعي و تراثه و عقيدته.
و كان الفقيد، رغم الفاصل الجغرافي و الضغوط التي تعرض لها من قبل النظام العراقي، يتفقد أحوال المؤسسة و أمورها و يتابع نشاطاتها أولا بأول.
