و قد ترك آية الله العظمى الامام الخوئي (قده) أبحاثا قيمة كثيرة في حقلي الفقه و الاصول، و هي الدروس التي كان يلقيها سماحته خلال مدة تزيد على نصف قرن على عدد كبير من أفاضل العلماء و أساتذة الحوزة العلمية الدينية في النجف الأشرف، من المجتهدين ذوي الاختصاص في الدراسات الدينية العليا،  المعروفة بـ ‘‘ البحث الخارج ‘‘ (فقد ابتدأ رضوان الله تعالى عليه، بتدريس بحث الخارج سنة 1352 الى 1410 هـ، من دوز انقطاع) و قد قررت و دوّنت نظرياته الجديدة ، و آرائه العلمية القيمة تلك، في تقريرات كثير من السادة و المشايخ العلماء من تلامذته الافاضل، و التي تعتبر اليوم من أمهات المصادر الفقهية و الاصولية الحديثة للباحثين و العلماء، مما لا يستغني منها الاساتذة و الطلاب معا، و عليها يدور رحى  البحوث و الدروس في هذين الحقلين في جميع الحوزات الدينية المعروفة.
و من تلك البحوث التي عرضت على ساحته و أجاز طبعها هي:
1- التنقيح في شرح العروة الوثقى : تقرير آية الله الشهيد الشيخ ميرزا علي الغروي رحمه الله في مجلد واحد يبحث عن  الاجتهاد والتقليد وتسع مجلدات في الطهارة.
2- تحرير العروة الوثقى ، تقرير الشيخ قربانعلي الكابلي (قده)، جزء واحد (فقه).
3- دروس في فقه الشيعة ، تقرير السيد محمد مهدي الخلخالي، أربعة أجزاء(فقه).
4-  محاضرات في أصول الفقه : تقرير آية الله الشيخ محمد اسحاق الفياض حفظه الله يبحث في أربع مجلدات مباحث أصول الفقه قسم الألفاظ .
5- المستند في شرح العروة الوثقى : تقرير آية الله الشهيد الشيخ مرتضى البروجردي رحمه الله في عشر مجلدات تبحث عن الصلاة ومجلدان في الصوم ومجلدان في الزكاة ومجلد واحد في الخمس ومجلد واحد في الإجارة.
6- الدرر الغوالي في فروع العلم الاجمالي، تقرير الشيخ رضا اللطفي، جزء واحد (اصول).
7- مباني الاستنباط ، تقرير السيد ابوالقاسم الكوكبي ، أربعة أجزاء (اصول).
8-  مصباح الفقاهة : تقرير آية الله الشيخ ميرزا محمد علي التوحيدي رحمه الله مجلد واحد يبحث في المكاسب المحرمة.
9-  مصابيح الأصول تقرير آية الله الشهيد السيد علاء الدين بحر العلوم رحمه الله؛  في مجلد واحد من مباحث الألفاط لعلم الأصول. 
10- المعتمد في شرح العروة الوثقى وفي شرح المناسك : تقرير آية الله الشهيد السيد محمد رضا الموسوي الخلخالي رحمه الله في أربع مجلدات تبحث في الحج.
11- مصباح الأصول : تقرير آية الله الشهيد السيد محمد سرور الواعظ البهسودي رحمه الله يبحث في مجلدين مباحث أصول الفقه قسم الحجج والأصول العملية
12- المباني في شرح العروة الوثقى : تقرير العلامة الشهيد حجة الإسلام والمسلمين السيد محمد تقي الخوئي رحمه الله في مجلدين تبحث في النكاح ومجلد واحد في المضاربة والمساقاة .
13- دراسات في الاصول العملية، تقرير السيد علي الحسيني الشاهرودي (قده)، جزء واحد(اصول).
14- فقه العترة في زكاة الفطرة، تقرير الشهيد السيد محمد تقي الجلالي (قده)، جزء واحد (فقه).
15- الرأي السديد في الاجتهاد والتقليد، تقرير الشيخ غلام رضا عرفانيان (قده)، جزء واحد(فقه).
16- محاضرات في الفقه الجعفري ، السيد علي الحسيني الشاهرودي(قده)، ثلاثة أجزاء (فقه).
17- جواهر الأصول تقرير آية الله الشيخ فخر الدين الزنجاني حفظه الله.
18- رسالة في الأمر بين الأمرين : تقرير آية الله الشيخ محمد تقي الجعفري رحمه الله يبحث في موضوع كلامي .
19- رسالة في الرضاع : تقرير آية الله الشيخ محمد تقي الإيرواني رحمه الله وآية الله السيد محمد مهدي الموسوي الخلخالي حفظه الله .